Die Propsteikirche in Wagenhausen ist ein ehemaliges Kloster am Ufer des Rheins, welches 1083 vom Adligen Tuoto von Wagenhausen dem Benediktinerkloster Allerheiligen in Schaffhausen gestiftet wurde.

Die Kirche ist eine dreischiffige, romanische Basilika im lombardischen Stil. Das nördliche Seitenschiff wurde, durch den Einfluss des nahen Rheins baufällig und um 1600 abgerissen. Von der Malerei des 13. Jahrhunderts ist diejenige am Triumphbogen erhalten. Die Fresken der heiligen Agatha (Nordwand), des heiligen Sebastian (Chor) und des heiligen Antonius und Benedikt (Seitenapsis) entstanden nach 1500, der Taufstein 1512. Die Kanzel datiert aus dem 17. Jahrhundert.

Im Kreuzgang befinden sich Grabtafeln von Pröpsten aus dem 18. und 19. Jahrhundert, sowie ein Pestsarg mit aufklappbarem Boden: Im Jahr 1611 wurde die Hälfte der Thurgauer Bevölkerung durch die Pest dahingerafft; in Wagenhausen 71 Personen.

Im Glockenturm hängen drei Glocken: eine Marienglocke von 1291, eine grosse Glocke von 1514 und eine kleine von 1953.

1937 wurde die Kirche aussen, 1950/51 innen restauriert. 1970/71 richtete man im Ost- und Südflügel drei Wohnungen ein, zudem ist im Ostflügel der historische Propsteisaal (Kirchgemeindesaal) untergebracht.